MTs Negeri KotaSorong merupakan alifungsi dari Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 4 Tahun, yang berdiridi Sorong sejak tahun 1965. Pada tahun 1973 PGAN 4 Tahun ditambah tingkatanya menjadi PGAN 6 Tahun. Pada tahuh 1980 kebijakan pemerintah untuk mengalih fungsikan PGA 4 tahun dan PGA 6 tahun menjadi Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah.
Sebagai upaya penggantian dan pengalihan PGAN 4 tahun dan PGA 6 tahun tersebut, maka di Sorong pada tahun 1979 dibuka Madrasah Tsanawiyah sebagai pengganti PGA 4 tahun, dan berdasarkanSurat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor:
No. 7 Tahun 1980 Tanggal : 31 Mei 1980 ditetapkan statusnya sebagai MTs. Negeri 388.
Dan selanjutnya pada tanggal 14 Maret tahun 1998, melalui Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam, Departemen Agama, Madrasah Tsanawiyah Negeri 388 Sorong DIKUKUHKAN menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri ( MTsN) MODEL. Selanjutnya sejak tahun terjadi perubahan dari MTs Negeri Model menjadi MTs Negeri Kota Sorong sampai saat ini.
Sedangkan PGA 6 tahun terus berjalan sampai dengan tahun 1990. Dan selanjutnya melalui Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, nomor64 tanggal 25 April 1990 tentang Alihfungsi PGAN6Tahun berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kota Sorong.
Tim Kerja, Rencana Pembangunan Zona Integritas Pemantauan dan Evaluasi Pembangunan WBK/WBBM, Perubahan pola pikir dan budaya kerja
Standar Operasional Prosedur (SOP) kegiatan utama, E-Office, Keterbukaan Informasi Publik.
Perencanaan kebutuhan pegawai sesuai dengan kebutuhan organisasi, Pola Mutasi Internal, Pengembangan pegawai berbasis kompetensi, Penetapan kinerja individu ...
Keterlibatan pimpinan, Pengelolaan Akuntabilitas Kinerja.
Pengendalian Gratifikasi, Penerapan SPIP, Pengaduan Masyarakat, Whistle-Blowing System, Penanganan Benturan Kepentingan.
Standar Pelayanan, Budaya Pelayanan Prima, Penilaian kepuasan terhadap pelayanan
